Hoạt động nghiên cứu khoa học ở Nha Trang đã được đặt nền móng từ thời Pháp thuộc với việc hình thành hai cơ sở khoa học thực nghiệm là Viện Pasteur Nha Trang vào năm 1891, nghiên cứu về vệ sinh dịch tễ và Sở Ngư nghiệp Đông Dương năm 1922 (tiền thân của Viện Hải dương học Nha Trang) chuyên nghiên cứu về biển và động vật biển. Lĩnh vực khoa học từ đó dần dần được mở rộng sang các ngành khoa học ứng dụng.[18]. Giáo dục đại học tại Nha Trang bắt đầu phát triển từ năm 1971 với cơ sở đào tạo bậc đại học đầu tiên là Đại học Cộng đồng Duyên Hải [19]. Sau ngày thống nhất đất nước, Trường Đại học Thủy sản Nha Trang, được chuyển từ Hải Phòng vào[20] cùng với một số trường quân sự như Trường Sĩ quan không quân từ Cát Bi và Trường Sĩ quan Hải quân II (tiền thân của Học viện Hải quân chuyển vào từ Quảng Ninh. Hiện nay, Nha Trang có nhiều trường đại học quân sự và dân sự, cao đẳng phục vụ cho việc đào tạo nhân lực cho địa phương tại tất cả các bậc học

Về giáo dục phổ thông, toàn thành phố có 116 trường với gần 68.000 học sinh trong đó có 41 trường tiểu học [22], 24 trường Trung học cơ sở [23] và 13 trường Trung học phổ thông. 27/27 xã, phường đạt chuẩn quốc gia về phổ cập giáo dục tiểu học và trung học cơ sở.

Ghi chú: * trường liên cấp